19 września 1941 roku Franciszek Blachnicki został przewieziony z obozu w Auschwitz do więzienia śledczego w Zabrzu. Miał odpowiedzieć przed sądem niemieckim za zdradę stanu, jaką był udział w polskiej konspiracji. Podczas pobytu w więzieniu uświadomił sobie, że mimo strasznych doświadczeń, jakie były jego udziałem, nigdy się nie załamał. Przeciwnie, zrozumiał, że przeciwności jeszcze bardziej go umacniają.
Na początku stycznia 1942 roku Franciszek Blachnicki został przeniesiony do więzienia śledczego w Katowicach, gdzie oczekiwał na rozprawę sądową. 30 marca zapadło orzeczenie: kara śmierci. Wyrok sądu był jednym z najtragiczniejszych momentów w życiu Franciszka Blachnickiego. Kolejne cztery miesiące spędził na oddziale skazańców, oczekując na wykonanie wyroku. W tym najtrudniejszym okresie, 17 czerwca 1942 roku, dokonało się jego nawrócenie. Zrozumiał, że człowiek nosi w sobie pierwiastek duchowy i cielesny. W czasie gdy nie posiadał wolności fizycznej, dostrzegł w sobie wolność wewnętrzną i całe swoje dalsze życie oddał na własność Bogu.
Ostatecznie kara śmierci nie została wykonana. Po czterech i pół miesiącach oczekiwania przyszło ułaskawienie. Wyrok zamieniono na dziesięć lat ciężkiego więzienia po zakończeniu wojny. Do tego czasu Franciszek Blachnicki miał przebywać w obozach pracy. Do końca wojny pozostał w niewoli niemieckiej. Po więzieniu w Katowicach i w Raciborzu oraz ponownym pobycie w Rawiczu, w marcu 1944 roku Franciszek Blachnicki został przewieziony do obozu przejściowego w Börgermoor w północnych Niemczech. W nazistowskich obozach na terenie Niemiec spędził ostatnie miesiące wojny. W czerwcu 1944 roku został umieszczony w obozie Zwickau w Saksonii. Od grudnia 1944 roku przebywał w obozie w Lengenfeld. Tam 17 kwietnia 1945 roku został wyzwolony przez armię amerykańską. Pobyt w więzieniach i obozach straszliwie wyniszczył jego zdrowie, pozostawiając niewyleczoną chorobę płuc.
W lipcu 1945 roku Franciszek Blachnicki powrócił do rodzinnych Tarnowskich Gór. Pomimo słabego stanu zdrowia już w październiku rozpoczął studia w Śląskim Seminarium Duchownym w Krakowie. W 1950 roku na Wydziale Teologicznym Uniwersytetu Jagiellońskiego obronił pracę magisterską pt. „Istota świętości. Studium religijno-filozoficzne na tle powieści Władysława Grabskiego »W cieniu kolegiaty«”. W tym samym roku 25 czerwca otrzymał święcenia kapłańskie.
Aby zrealizować swoje plany Lebensraumu (przestrzeni życiowej), Niemcy chcieli uczynić z Polaków ludność niewolniczą. Polacy mieli być przydatni tylko do pracy fizycznej. Ich najwyższy status społeczny to robotnik wykwalifikowany pracujący dla Wielkich Niemiec, na terenie okupowanego kraju, ale i w samej Rzeszy. Na robotach w Niemczech Polacy pracowali w fabrykach, na wsi i w prywatnych domach.
Od początku okupacji Niemcy rozpoczęli akcję eksterminacji polskiej inteligencji. Od jesieni 1939 roku prowadzono aresztowania dawnych polityków, oficerów, profesorów, a nawet sportowców. Początkowo zabijano ich w aresztach, więzieniach i w lasach. Od 1940 roku rozpoczęto jednak tworzenie obozów kontrakcyjnych na terenie okupowanej Polski. Ofiarami początkowo byli Polacy, jednak od podjęcia przez Niemców decyzji o ostatecznym „rozwiązywaniu kwestii żydowskiej” obozy zapełniły się też ludnością żydowską. Żydzi najczęściej byli zabijani zaraz po przybyciu do obozu, chociaż Niemcy starali się wykorzystywać pracę najsilniejszych spośród nich. Nieludzko ciężka praca i brak podstawowych warunków do życia prowadziły do śmierci.
Podobnie katorżnicze warunki były cierpieniem Polaków w gułagach sowieckich. Najsurowszą karę zastosowano wobec przedwojennej elity – oficerów polskich. Zabito ich tylko za to, że byli Polakami.
Działania okupantów doprowadziły do wyjątkowego wyniszczenia Polski. I nie gruzy materialne były największym problemem powojennej Polski, ale zniszczenie najsilniejszej tkanki narodowej. Brak specjalistów, inżynierów, wynalazców, profesorów zdecydowanie zmniejszał możliwości odbudowy i unowocześnienia kraju. Jednocześnie stanowił doskonały grunt dla działalności komunistów. Władza oparła swój sukces propagandowy na awansie społecznym wielu tysięcy Polaków, którzy pochodzili ze wsi, a zdobyli wykształcenie i zaangażowali się w budowę socjalistycznego państwa. Jednocześnie wpajano tym ludziom, że wszystko, co osiągnęli w życiu, zawdzięczają ludowej ojczyźnie.
Po likwidacji wojskowego podziemia i rozprawieniu się z opozycją polityczną komuniści rozpoczęli budowę społeczeństwa socjalistycznego opartego na wzorcach radzieckich. Zlikwidowano przedwojenne harcerstwo, tworząc Organizację Harcerską w ramach komunistycznego Związku Młodzieży Polskiej.
Po obozie więzienie, rozprawa sądowa,
30 marca 1942 roku wyrok śmierci
„W imieniu niemieckiego narodu…zostają skazani:
oskarżony Kurek Władysław – na śmierć,
oskarżony Blachnicki Franciszek – na śmierć,
oskarżony Wolko Władysław – na 12 lat zaostrzonego obozu karnego”.
Osadzony na oddziale B I katowickiego więzienia, oddziale skazańców.
Wtedy właśnie załamało się ostatecznie wszystko: cała ta naiwna młodzieńcza filozofia, światopogląd, wiara w ideały […]. Czytałem różne książki i znowu odkrywałem, że człowiek to bestia, że życie ludzkie jest pozbawione wszelkiego sensu, a historia to jakieś straszne błędne koło…
Nastąpiło ono 17 czerwca 1942 roku, w 21. roku mego życia. Jest to data przełomowa całego życia. Wszystko, co było przedtem, prowadziło do tego momentu, przygotowywało go. Wszystko, co nastąpiło potem i trwa do dziś, i będzie trwało aż do śmierci – jest konsekwencją, trwaniem i rozwinięciem tego, co w tym momencie się dokonało.
…przed 19 laty przeżyłem największy dzień swego życia. Tutaj, w tym samym więzieniu – jako podwójny skazaniec: skazany przez ludzi na śmierć przez ścięcie, a przez siebie samego na śmierć wieczną – zostałem ułaskawiony dekretem Miłosierdzia Wszechmogącego Boga. Siedząc na krzesełku w kąciku swej celi i czytając książkę, przy jednym zdaniu przeżyłem coś takiego, jakby w mej duszy ktoś przekręcił kontakt elektryczny, tak iż zalało ją światło. Światło to od razu rozpoznałem i nazwałem po imieniu, gdy powstałem i zacząłem chodzić po celi, powtarzając w duszy: „wierzę, wierzę”. To światło od tej chwili nie przestało ani na moment świecić w mej duszy, nie przestało ani na chwilę mną kierować, zwracając moje życie ku Bogu.
Dar wiary, która jako nowa, nadprzyrodzona rzeczywistość została mi wlana w jednym momencie w owym pamiętnym dniu jako zupełnie nowe, nie ludzką mocą zapalone światło, które świeci nawet wtedy, gdy nie pada jeszcze na żaden przedmiot i trwa cicho, nieporuszenie jak gwiazda, świecąc w ciemnościach i sama będąc ciemnością. Ta rzeczywistość wiary od tamtej chwili, bez przerwy, przez 44 lata określa całą dynamikę mego życia i jest we mnie „źródłem wody tryskającej ku życiu wiecznemu”. Nigdy w tym okresie nie przeżywałem wątpliwości co do wiary i nigdy nie miałem innych celów i dążeń, zainteresowań, poza wynikającymi z wiary i skierowanych ku Ojcu przez Syna w Duchu Świętym, w realizacji wielkiego planu zbawienia. Wszystkie decyzje były podejmowane w motywacji wiary. Wiarę przy tym zawsze pojmowałem jako decyzję osoby polegającą na oddaniu siebie i moje zaangażowanie, przynajmniej na płaszczyźnie intencji, było niepodzielne.
Nareszcie! Przyszła decyzja. Spieszę powiadomić Was o moim szczęściu. Dzisiaj dowiedziałem się, że decyzją Ministerstwa Sprawiedliwości (das Justitzministerium [w Berlinie]) zostałem ułaskawiony i skazany na 10 lat ciężkiego więzienia oraz utratę czci w tym samym czasie. To znaczy „powstałem z martwych” i moja przyszłość przynajmniej na najbliższy czas jest już określona. Dziękujcie razem ze mną dobremu Bogu, że okazał nam swą łaskę.
Ostatnie 4 miesiące kładą się na mnie czarnym cieniem. Były to najbardziej decydujące miesiące mojego dotychczasowego, spokojnie mogę powiedzieć „kolorowego” życia, które kryje w sobie nie tylko trudne przeżycia, ale też nieocenione życiowe doświadczenie i mój wewnętrzny rozwój. To obficie wynagradza mi doznane cierpienia i jest wprost bezcenne. Rozpoczyna się nowy odcinek mojego życia i wchodzę weń ze spokojem, wewnętrznie umocniony. Niezbyt wiele powie tutaj słowo „szczęśliwy” odnośnie do postawy, której już nic w życiu nie jest w stanie złamać. Niech przyjdzie co chce – nic mnie nie złamie, gdyż ta postawa zrodzona została w ciężkim cierpieniu i z próby zawsze wyjdę zwycięsko. […] Jestem szczęśliwy, że Bóg zachował mnie od takiej drogi życiowej, którą można określić „robienie kariery”, od wielkiej przyszłości, od pięknej drogi życiowej, która u korzenia ma chciwość człowieka, manię wielkości, która ostatecznie prowadzi do poznania, że wszystko jest „próżnością i utrapieniem ducha” i że goniąc za tym, zmarnowało się swoje życie.
Tego odkrycia dokonałem na początku mojego życia, gdy byłem bliski wejścia na fałszywą drogę. Jedynie ktoś pokorny może osiągnąć szczęście, nieprawdaż kochani Rodzice?